В сентябре 1987  года был назначен командиром К-173 "Красноярск".
Под руководством Ефанова в период с 15 августа по 9 сентября 1991 года подводная лодка «Красноярск» (старший на борту — капитан 1-го ранга М. В. Моцак) совместно с подводной лодкой К-442 «Челябинск» совершила групповой подлёдный трансарктический переход с Краснознамённого Северного флота на Краснознамённый Тихоокеанский флот. В период плавания лично командиром была обеспечена высокая надёжность, безопасность и устойчивость управления подводным крейсером, отработаны новые тактические приёмы использования корабля с современным ракетным комплексом.
В сентябре 1991 года — августе 1993 года А. П. Ефанов командовал подводной лодкой К-410 «Смоленск». Экипаж корабля в декабре 1992 года завоевал приз ГК ВМФ по ракетной стрельбе крылатыми ракетами большой дальности.

В августе 1993 года А. П. Ефанов был назначен командиром атомной подводной лодки К-456 «Касатка». С 18 августа по 14 сентября 1993 года подводная лодка совершила трансарктический переход из губы Западная Лица к месту постоянной дислокации в бухту Крашенинникова на Камчатке (руководитель перехода — контр-адмирал М. В. Моцак, начальник походного штаба — капитан 1-го ранга И. Н. Козлов).

Во время плавания были отработаны новые тактические приёмы нанесения ракетного удара по авианосно-ударному соединению, а также освоен новый приём применения унифицированных торпед для обеспечения аварийного всплытия корабля во льдах способом «полынья». В ходе подготовки и в период перехода пройдено 15500 миль. Переход осуществлялся под почти сплошным ледовым покровом (средняя сплочённость льда составляла 8 — 9 баллов).

Указом Президента Российской Федерации от 15 июня 1994 года «за мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания в условиях, сопряжённых с риском для жизни», капитану 1-го ранга Ефанову Аркадию Петровичу присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».

В 1996 году А. П. Ефанов окончил Военно-морскую академию имени Н. Г. Кузнецова. С июля 1996 года — заместитель начальника Высшего военно-морского училища имени М. В. Фрунзе по подготовке иностранных военнослужащих. С июня 1997 года А. П. Ефанов — в запасе. 

Награжден орденами "За службу Родине в ВС СССР" 3 степени ( 1990г.), "За личное мужество" (1993г.) и многими медалями.  

Член Совета Клуба подводников, активно участвовал во всей работе Клуба.
Клуб подводников выражает глубочайшие соболезнования семье Аркадия Петровича Ефанова...
Светлая память о нем навсегда сохраниться в наших сердцах...

Совет Клуба подводников и ветеранов ВМФ