В феврале 1969 начато переформирование управления 12 эскадры подводных лодок СФ в управление 3 флотилии, закончившееся 14 декабря 1969 года.
14 декабря является праздником флотилии.
Основу флотилии составили 18 дивизия, 31 дивизия и 16 дивизия подводных лодок, базирующиеся на бухты Ягельная губа, Оленья губа, Сайда-губа.
Одновременно формируется 19 дивизия подводных лодок, также вошедшая в состав флотилии.
С 1 сентября 2002 года флотилия переформирована в 12 эскадру подводных лодок Северного флота.
В разные годы в состав флотилии входили следующие соединения:
- 18 дивизия с 12.1969 по 1976;
- 16 дивизия с 12.1969 по 1976;
- 31 дивизия с 12.1969 по 2002;
- 19 дивизия с 02.1969 по 1992;
- 13 дивизия с 23.07.1975 по 2002;
- 24 дивизия с 11.1985 г. по 2002;
- дивизион подводных лодок отстоя с 31.01.1991 по 2002;
- дивизион судов и плавсредств технического обеспечения по 2002.
