Нет общего мнения о том, когда и как произошла первая боевая потеря лодки Черноморского флота в Великую Отечественную войну
К началу войны "Щ-26" считалась одной из самых боеготовых на Черноморском флоте. 22 июня 1941 года находилась под командование опытного капитан-лейтенанта Сидора Алексеевича Каракая, который командовал кораблем с октября 1939 года, в составе 3-го дивизиона 1-й бригады подводных лодок в Севастополе.
В первый день войны экипаж получил приказ выйти в район румынского порта Констанца, чтобы атаковать суда противника. Констанца тогда являлась основной базой германского и румынского флотов на Черном море. В 03.30 28 июня с борта "Щ-206" была получена радиограмма: "Командиру 1 Бригады подводных лодок. Возвращаюсь на позицию № 4. Кораблей противника не видел. Командир ПЛ Щ-206".
Это была первая и последняя радиограмма с борта "Щ-206". Больше лодку никто не видел.
Есть несколько версий гибели экипажа.
По одной из них, лодка была потоплена противником именно 9 июля 1941 года недалеко от Мангалии. Румынские корабли проводили в том районе траление акватории и обанружили перископ лодки, забросали ее глубинными бомбами и торпедами. После сброса бомб наблюдался сильный взрыв, после чего на поверхности появилось большое пятно солярки. Что свидетельствует о подводном взрыве.
Вторая версия говорит, что лодка погибла на мине в районе Констанцы, при маневрировании на минном поле.
Третья версия заключается в том, что лодку потопили ошибочной атакой советские корабли, вышедшие в район с боевым заданием.
Дело в том, что в начале войны действия частей и соединений армии и флота были разобщены. Командир "Щ-206" не знал о том, что надводные корабли в это же самое время в этом же районе проводят военную операцию. Также не знали о подводной лодке и командиры надводных кораблей, которые приняли перископ за единственную румынскую подводную лодку и атаковали ее.
Как полагают некоторые историки, 26 июня 1941 года эсминец "Сообразительный" вместе с лидером "Харьков" возвращался после набега на Констанцу. "Щ-206", из-за дымовой завесы думая, что это корабли противника, атаковал одной торпедой эсминец "Сообразительный". В ответ тот сбросил серию из 4-х больших и 8-ми малых глубинных бомб. Во время взрыва над водой показалась корма лодки, а затем на поверхности появились воздушные пузыри и пятна масла.
Кроме того, утверждается, что погибший на мине в ходе набеговой операции на Констанцу лидер "Москва", на самом деле был потоплен торпедами "Щ-206", которая также приняла советские корабли за румынские.
16 июля 1941 года срок возвращения ПЛ "Щ-206" из похода истек, и официально было объявлено, что она пропала без вести.
27 июля 1941 года лодка исключена из состава ВМФ.
"Щ-206" стала второй боевой потерей черноморского подплава и первой погибшей подводной лодкой Черноморского флота в Великой Отечественной войне. На борту корабля в его последнем походе было 42 человека.
Вообще к началу войны в соединениях Черноморского флота было 44 подводных лодки. В строю находилось 25, остальные были на ремонте. За войну флот потерял 27 подводных лодок, 24 из них не вернулись из боевых походов. Восемь лодок из не вернувшихся найдены, еще одну не нашли, но факт ее гибели подтверждает то, что торпедировавшие ее итальянцы подобрали из воды двух советских моряков.
Обстоятельства гибели оставшихся 16 подводных лодок, в том числе и "Щ-206", до сих пор остаются невыясненными. Все они числятся пропавшими без вести.