С первых дней Великой Отечественной войны (1941-1945) Тихоокеанский флот стал резервом воюющих флотов и сухопутных фронтов. Тысячи офицеров, старшин и матросов пополнили корабли Балтийского, Черноморского и Северного флотов, морские стрелковые бригады, соединения береговой и железнодорожной артиллерии. Личный состав передавался как в составе экипажей кораблей, так и отдельных команд специалистов.
К осени 1942 года германские флот и авиация развернули ожесточенную борьбу на Северном морском театре, где советский Северный флот по мере сил и возможностей обеспечивал движение союзных ленд-лизовских конвоев, которыми англичане и американцы доставляли в Советский Союз боевую технику и военное имущество, а обратными рейсами вывозили из СССР стратегическое сырье, материалы и золото. Они пытались нарушить коммуникации союзников в этом регионе. В этой связи в СССР был принят ряд действенных мер по усилению боевого ядра сил Северного флота. Одной из них стало принятие 4 сентября 1942 года Государственным комитетом обороны постановления о переводе шести подводных лодок с Тихоокеанского флота на Северный флот.
Ситуация осложнялась тем, что из-за тяжелой ледовой обстановки все мощные ледоколы, способные провести корабли по Северному морскому пути, остались на западе страны. В результате подводным лодкам предстоял переход из Тихого океана через Панамский канал на Север. К переводу на Северный флот были отобраны четыре новейшие подводные лодки типа "С" ("С-51", "С-54", "С-55" и "С-56"), собранные во Владивостоке непосредственно перед войной и уже в ее ходе, и две подводные лодки типа "Л" ("Л-15" и "Л-16"), принятые в состав флота в 1938 году. Подлодки типа "Л" отправлялись из Петропавловска-Камчатcкого, а типа "С" – из Владивостока. Их маршруты должны были проходить через порты и военно-морские базы Датч-Харбор (США), Сан-Франциско (США), Панамский канал, Галифакс (Канада) и далее до Рейкьявика (Исландия) в обстановке глубокой скрытности группами по две лодки, а в дальнейшем каждая лодка должна была следовать самостоятельно до Полярного (Мурманская область).
Перед выходом на всех подлодках прошел ремонт материальной части, но на трех из четырех типа "С" были изношены аккумуляторные батареи, и их не смогли заменить. Аккумуляторные заводы, эвакуированные из прифронтовой зоны, продукции не давали, а на флоте запасов батарей не оказалось. Именно это обстоятельство определило организацию перехода – в надводном положении, погружаясь только при необходимости уклонения в случае явной опасности. Применение оружия разрешалось только при нападении на лодку противником и невозможности уклониться маневром.
На время перехода подводные лодки были объединены в три группы. Первыми 25 сентября 1942 года из Петропавловска-Камчатского в поход вышли подводные лодки типа "Л". 1 октября они прибыли на военно-морскую базу США Датч-Харбор. Утром 5 октября подводные лодки в сопровождении американского фрегата вышли в море и направились в Сан-Франциско. К вечеру фрегат закончил эскортирование и лег на обратный курс в базу. Далее лодки пошли самостоятельно в надводном положении. 11 октября подводная лодка "Л-16", шедшая головной, внезапно взорвалась и быстро погрузилась в воду. После войны ответственность за ее потопление взял на себя командир японской субмарины, которая возвращалась из района ведения боевых действий у побережья Америки и, обнаружив подводные лодки, выстрелила по ним последней оставшейся торпедой, считая корабли американскими. На "Л-16" погибли 56 человек. Подводная лодка "Л-15" после неоднократного обследования места гибели товарищей, которое ничего не дало, продолжила движение в Сан-Франциско, куда прибыла 16 октября, а затем отправилась к Панамскому каналу. Пройдя его, оказалась в Атлантическом океане.
Первая группа подводных лодок типа "С" ("С-54" и "С-55") вышла из Владивостока 5 октября и направилась в Петропавловск-Камчатский. На следующий день Владивосток покинула вторая группа, в которую входили "С-51" и "С-56". Переход обеих групп сопровождался штормовой погодой в Японском и Охотском морях. В Петропавловск-Камчатский "С-54" и "С-55" пришли 12 октября, а "С-51" и "С-56" – 14 октября. Пополнив запасы топлива, продовольствия и пресной воды, 16 октября первая группа подводных лодок типа "С" вышла в море, на следующей день вторая. После четырехсуточного перехода (20 октября) "С-54" и "С-55" ошвартовались в Датч-Харборе. 23 октября туда же пришли подлодки "С-51" и "С-56".
В связи с потерей подлодки "Л-16", а также наличием разведсведений, что из японского порта вышла в Тихий океан немецкая субмарина, американское командование приняло решение одновременно отправить все четыре подводные лодки типа "С" в Сан-Франциско в сопровождении двух эсминцев. 28 октября корабли вышли из Датч-Харбора. После возвращения эскорта в базу, подводные лодки вновь рассредоточились по группам, усилив наблюдение за окружающей обстановкой. 29 октября на выходе из Берингова моря в Тихий океан на "С-56" почувствовали сильный толчок, похожий на удар торпеды. Позже, когда лодка встала в док на ремонт, были обнаружены повреждения обшивки и осколки металла, относящиеся к элементам хвостовой части торпеды.
Первыми в Сан-Франциско прибыли подводные лодки "С-51" и "С-56", а 5 ноября к ним присоединились "С-54" и "С-55". Пополнив запасы, они группами направились к Панамскому каналу. Поход был тяжелым и для техники, и для людей. На подходе к Панамскому каналу жара в отсеках доходила до 60 градусов по Цельсию. Экипаж "С-56" болел конъюнктивитом, почти лишаясь зрения. Самой подводной лодке тоже досталось. 18 ноября у Южной Калифорнии она была атакована неизвестной подлодкой. Торпеды прошли в 50 метрах за кормой. В районе костариканского острова Кокос "С-56" в очередной раз подверглась безуспешной атаке неизвестной подводной лодки.
К утру 24 ноября "С-54" и "С-55" подошли к Панамскому каналу и стали на якорь. Через несколько часов к ним присоединились "С-51" и "С-56". Панамский канал лодки проходили все вместе. В течение светлого времени суток самостоятельно, а в наиболее узких местах (шлюзах) под буксировкой электровозов. К вечеру все четыре подлодки прибыли на базу США Коко-Соло (Панама), где был произведен их ремонт.
2 декабря 1942 года "С-51" и "С-56" покинули базу, на следующей день из нее ушли "С-54" и "С-55". Маршрут подводных лодок пролегал к острову Куба, на американскую базу Гуантанамо. В Карибском море, в районе действия немецких подводных лодок, безопасность перехода обеспечивали американские корабли. Из Гуантанамо подводные лодки отправились на военно-морскую базу Канады Галифакс. На этом отрезке "С-54" была атакована немецкой субмариной, но благодаря активным действиям сопровождавшего американского корвета, атаковавшего неприятеля глубинными бомбами, и умелому маневрированию командира лодки от торпеды уклонилась. У берегов Канады подводные лодки пережили страшный шторм, в результате которого "С-56" была полузатоплена и лишилась хода. В Галифаксе ей пришлось пройти ремонт.
После Галифакса советские подводные лодки следовали к берегам Советского Союза разными маршрутами. Две из них ("Л-15" и "С-51") направились в Исландию (Рейкьявик). Оттуда "С-51" вышла в Полярный и 24 января 1943 года прибыла на Северный флот. "Л-15" пришла в Рейкьявик с серьезными повреждениями, полученными во время шторма. Для прохождения ремонта ей пришлось отправиться в город Гринок (Великобритания), где она пробыла более трех месяцев.
Подводные лодки "С-54", "С-55" и "С-56" из Галифакса направились в Розайт (Шотландия) для ремонта и замены аккумуляторных батарей. После завершения всех работ "С-55" и "С-56" через порт Лервик на Шетлендских островах перешли в Полярный, куда прибыли 8 марта 1943 года.
Подводной лодке "С-54" требовался более серьезный ремонт, поэтому она задержалась. На оставшиеся в Великобритании подлодки "Л-15" и "С-54" в соответствии с договоренностью было решено установить радиолокационные станции и активные гидроакустические станции. Для этого "С-54" после окончания ремонта перешла Северным морем в Портсмут (Англия).
Подводная лодка "Л-15" после завершения всех работ 20 мая 1943 года покинула Гринок и через Лервик направилась в Полярный, куда прибыла 29 мая.
Подлодка "С-54", которую преследовали неисправности, только 16 мая 1943 года вышла из дока и 21 мая направилась в Плимут (Англия) для испытания новой установленной техники. После окончанием ходовых испытаний 23 мая она вышла из Плимута и взяла курс в Гринок. Оттуда "С-54" направилась через Лервик в Полярный, куда прибыла 7 июня 1943 года.
Пройдя порты США, Канады и Англии, впервые в истории отечественного подводного флота пять советских дизельных подводных лодок совершили столь длительный переход длиною более 16 тысяч миль (более 25 тысяч километров). Подводные лодки типа "С" прошли два океана и девять морей (Берингово, Карибское, Саргассово, Северное, Гренландское, Норвежское, Баренцево, Японское и Охотское). Их путь лежал через суровые северные и жаркие тропические широты.
В ходе боевых действий на Севере в 1943-1945 годах пятью прибывшими с Тихоокеанского флота подлодками было потоплено и повреждено свыше 30 кораблей и судов противника, произведено несколько минных постановок, выполнены специальные задания по высадке разведчиков в глубоком немецком тылу. Две из них не вернулись из боевых походов – "С-54" в декабре 1943 года, а "С-55" в марте 1944 года.
За боевые успехи "С-51" была награждена орденом Красного Знамени, а "С-56" стала Краснознаменной и гвардейской.
"С-56" оказалась самой результативной по количеству достоверно потопленных целей советской подводной лодкой ВМФ СССР времен Великой Отечественной войны. На ее счету потопление двух боевых кораблей и двух транспортов, а также повреждение одного транспорта. "С-56" совершила восемь боевых походов, в которых провела 13 атак с выпуском 30 торпед. За живучей советской подлодкой немцы охотились с особым рвением. На "С-56" за время войны сбросили больше трех тысяч глубинных бомб, 19 раз объявляли ее погибшей. Командиру "С-56" капитану 2 ранга, Григорию Щедрину было присвоено звание Героя Советского Союза. Всего экипажу вручили более 400 орденов и медалей.
Отслужив на Севере девять послевоенных лет, "С-56" осуществила переход по Северному морскому пути в арктических льдах и вернулась во Владивосток спустя 12 лет. Она стала первой подводной лодкой ВМФ СССР, совершившей кругосветное путешествие. Весной 1955 года "С-56" была выведена из боевого состава и разоружена. В 1964 году лодку использовали как учебно-тренировочную станцию по борьбе за живучесть. 9 мая 1975 года "С-56" была установлена на Корабельной набережной во Владивостоке в качестве корабля-музея. Сегодня подлодка входит в состав мемориального комплекса "Боевая слава Тихоокеанского флота".